Comment quantifier les gels d'électrophorèse à l'aide d'images

L'électrophorèse est une technique essentielle utilisée pour le clonage de gènes et pour d'autres expériences avancées en biologie moléculaire. Les scientifiques utilisent généralement l'électrophorèse dans un seul but, pour séparer les composants moléculaires individuels de l'ADN, de l'ARN ou des protéines dans un gel plat. Cette procédure permet aux scientifiques de déterminer le nombre de molécules d'un certain type présentes dans un échantillon et leur taille. Pour ce faire, l'échantillon est autorisé à migrer le long du gel. Pendant la migration, il est divisé en bandes de différentes tailles en des points bien définis du gel. Enfin, le gel contenant les molécules ayant migré est photographié. C'est l'image qu'il faut quantifier pour analyser les données.

Quantification des images de gel de l'électrophorèse

Choisissez un logiciel d'analyse d'image approprié. Ceci est obligatoire. Par conséquent, l'accès aux logiciels de densitométrie tels que Kodak DirectView EVP Plus et Carestream Molecular Imaging doit être préalablement obtenu. D'autre part, il existe également des logiciels bon marché (par exemple, Adobe Photoshop) et à usage libre conçus spécifiquement pour l'analyse d'images scientifiques (par exemple, ImageJ). ImageJ est un progiciel gratuit qui a toutes les fonctions, qui est couramment utilisé dans les laboratoires de biologie moléculaire et qui est facile à utiliser. Pour les besoins de cet article, nous utiliserons ImageJ comme exemple. Cependant, les principes de chaque étape sont universels et facilement applicables à tous les types de logiciels d'analyse d'images.

Convertir l'image en un format utilisable. ImageJ est compatible avec de nombreux équipements d'imagerie et caméras utilisés dans les laboratoires effectuant l'électrophorèse. Cependant, il est courant de créer des fichiers .JPEG, .TIFF ou d’autres formats universels à analyser.

Importez la ou les images dans le logiciel d'analyse d'images. Certains logiciels d'analyse d'images attribuent une résolution inférieure aux images importées, un contraste différent et d'autres problèmes de qualité d'image. Il est donc judicieux d'importer tous les formats et de choisir celui offrant la meilleure qualité de logiciel. choisi. ImageJ n'a pas de problèmes de résolution et préserve la qualité des données brutes.

Convertir la couleur de l'image en "niveaux de gris". Dans ImageJ, sélectionnez l'onglet "Image" et dans le menu, cliquez sur "Niveaux de gris".

Il établit les paramètres de mesure appropriés pour l'analyse. Dans l'onglet Analyse, sélectionnez "Définir les mesures", puis cochez les cases "Surface", "Valeurs de gris moyennes" et "Densité intégrée" dans le menu déroulant.

Définissez la bonne échelle pour l'analyse. Dans l'exemple de logiciel, cliquez sur "Analyser", puis sur "Définir l'échelle" et dans l'espace pour l'unité de longueur, écrivez "pixels".

Inverser les couleurs pour obtenir une clarté visuelle. Dans l'onglet Edition, sélectionnez "Inverser" pour que les zones claires paraissent sombres et inversement.

Sélectionnez les bandes désirées dans l'image. Dans la palette d'outils, sélectionnez l'outil "Sélection libre" et faites glisser le pointeur de la souris le long du bord de la première bande ou de la bande de l'expérience de contrôle. Sélectionnez uniquement la bande et évitez toutes les ombres d'arrière-plan, qui sont essentiellement du bruit.

Mesurer (c'est-à-dire quantifier) ​​la zone sélectionnée. Appuyez sur "m" et dans la fenêtre de résultats qui apparaît, vous trouverez les mesures de densité intégrée, de surface, de valeur moyenne des gris, etc. Répétez les étapes précédentes jusqu'à ce que vous ayez mesuré toutes les bandes. Ensuite, copiez toutes les valeurs dans une feuille de calcul. Les images quantifiées sont maintenant prêtes pour l'analyse des données dans le tableur.